No se a ciencia cierta si los resúmenes están bien, el 3er y 4o disco eran un poco chungos de encontrar.
-Primer Disco
Este juego nos sitúa en el continente Balamb, en uno de los jardines más antiguos e importantes. Nuestro protagonista, Squal Lionheart, es un aspirante a SeeD, los SeeD, realizan misiones por encargo por todo el mundo, y cada SeeD, de cada jardín, cuenta con una especialidad y entrenamiento diferente. Tras su graduación, el equipo de Squall van realizando misiones, hasta llegar a una misión en la que deben secuestrar al un tirano presidente, pero esta misión es frustrada, y la embajadora, una bruja llamada Edea, secuestra a uno de los componentes del grupo de Squall. Tras regresar al jardín, les asignan de nuevo otra misión en conjunto con otro grupo: Asesinar a la Bruja.
-Segundo Disco
Después de despertar de un sueño, Squall y su equipo consiguen escapar de la prisión en donde se encuentran. Tras averiguar los planes de Edea, de destruir los jardines, y con la pérdida de uno de ellos, deciden separarse en dos grupos, uno para avisar en el jardín de Balamb y el otro para interceptar el ataque.
Consiguen frustrar el ataque de misiles, y después de varios episodios con Eleone, descubren quién es Edea, y se preparan para la batalla contra Edea y Seifer.
-Tercer Disco
Aquí, descubres quién es Artemisa, una bruja del futuro que quiere comprimir el tiempo para que solamente pueda existir ella, y que por eso necesita a Eleone. Y después, Squall, busca la manera de ayudar a Rinoa, así que va al barco de los SeeD blancos, pero descubre que ella se encuentra en Esthar, así que, cuando llega, y allí, encuentra al profesor Odine, este señor desarrolla máquinas y artefactos para neutralizar brujas, y le explica que Eleone está en la estación espacial de Esthar. Por lo que mientras Squall y Rinoa van a por Eleone, el resto se queda en el Esthar, aunque lo ataca el ejército y obtienen el Lunatic Pandora, una antigua arma ocultada por Esthar en el fondo del mar que es capaz de flotar en el aire por unos dospositivos, este objeto puede provocar la lágrima de la Luna, que crea un flujo gravitatorio entre la Tierra y la luna en la cual, habitan miles de monstruos, lo que destruyó el continente de Centra. Intentan impedir que el Lunatic Pandora llegue al lugar donde se cree que caerá la próxima lágrima, pero no lo logran, e intentando poner a salvo a Rinoa, acaba poseída por Artemisa, y libera a la bruja Adel, capturada 17 años atrás,
-Cuarto Disco
Cuando Adel es liberada, la Lágrima de la Luna arrasa el Lunatic Pandora, y Rino acaba en el espacio perdida, pero Squall la salva, y descubre que es una bruja, y tiene los poderes de Edea. Cuando llegan a la Tierra descubre que Galbadia ha secuestrado a Eleone, y Squall y su equipo es contratado para acabar con Artemisa, que está utilizando una máquina para enviar su conciencia al pasado, y que por ello, deben viajar al futuro. Después de explicar dicho plan, rescatan a Eleone, pero Seifer secuestra a Rinoa y la lleva junto a Adel, que se fusiona con ella. Cuando derrotas a Adel, Rinoa es poseída por Artemisa, y Eleone envia la conciencia de Artemisa y Rinoa al pasado, y la comprensión del tiempo comienza y el equipo viaja hasta la época de Artemisa. Allí, derrotan a los monstruos de Artemisa, y luchan contra la bruja, Squall es lanzado al pasado, al orfanato de Edea, y allí está una moribunda Artemisa, y este, decide atacarla, pero Edea se lo impide, porque las brujas no pueden morir sin pasar sus poderes, y entonces, ella acepta los de Artemisa, para no transformar a las niñas del orfanato en brujas, después de esto, Squall aparece en un desierto, y va olvidándose de las cosas, hasta que Rinoa lo salva y celebran la victoria en Balamb.